Chimiothèque

Retrouvez les règles d'accès aux substances dans le document suivant : regles_generales_de_fonctionnement_CN_mars2023-fr.pdf.

Objectifs et missions de la Chimiothèque Nationale :

La Chimiothèque Nationale (CN) a été créée en 2003 sous forme d'un Groupement de Services CNRS(GDS). En 2007, la CN a pris la forme juridique d'un Groupement d'Intérêt Scientifique (GIS), par une convention signée par 25 organismes de recherches et d'établissements d'enseignement supérieur. Depuis 2019, la CN est un des 4 piliers de ChemBioFrance.

Les objectifs de la CN sont : 

- La sauvegarde et la conservation du patrimoine chimique existant dans les laboratoires académiques nationaux ;

- Une meilleure valorisation scientifique des collections détenues par chaque laboratoire de la CN en portant leur existence à la connaissance de l'ensemble des acteurs de la recherche, qu'ils soient publics ou privés, français ou étrangers, via la base commune de données accessible par le web.

Les missions de la CN sont:

- Fédérer les laboratoires de recherche français souhaitant promouvoir la constitution et la valorisation scientifique et industrielle de collections de produits chimiques de synthèse et de substances naturelles, dans un format compatible avec les robots de criblage biologique;

- Constituer un répertoire global de ces collections, plus complet et divers que chacune des collections considérées séparément ;

- Promouvoir la mise à disposition de la Chimiothèque Nationale et des chimiothèques « essentielles» (CNE), auprès des chercheurs chimistes et biologistes, académiques et industriels en vue de criblages;

- Sensibiliser la communauté scientifique à la valorisation des produits actifs découverts en outils de recherche et en candidats médicaments, notamment par des actions de formation;

Vous êtes un laboratoire de chimie et vous désirez devenir membre de ChemBioFrance :

Le principe de fonctionnement est celui du réseau, dans lequel chaque laboratoire reste responsable et maître de ses molécules et substances. En devenant membre de la ChemBioFrance, vous pourrez :

• · valoriser vos produits de synthèse ou vos produits naturels vers des applications pharmaceutiques, cosmétiques, phytosanitaires.
• · accéder aux informations concernant les produits chimiques et les extraits naturels présents dans la Chimiothèque Nationale.

Pour cela vous devrez :

• · Au sein de votre laboratoire : · organiser une échantillothèque · créer une banque de données informatique.
• · Au niveau de votre Université ou de votre organisme de rattachement, préparer votre adhésion à la Chimiothèque Nationale.
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Pour réaliser les 2 premiers points, ChemBioFrance peut vous apporter une aide technique, financière et administrative. Les besoins matériels nécessaires sont limités : un système de stockage d'échantillons (vrac ou plaque), couplée à une gestion informatisée (la CN fournit le logiciel).

Pour adhérer à ChemBioFrance: merci de prendre contact avec le responsable du pilier Chimiothèque Nationale : Pr. Pascal Bonnet.

Fichier des structures de la Chimiothèque Nationale et de la CNE:

téléchargeable pour les utilisateurs enregistrés à cette adresse : https://chembiofrance.cn.cnrs.fr/fr/Acces-aux-bases-de-donnees-utilisateurs-enregistres

Profilage de la Chimiothèque Nationale :

descripteurs2020.pdf.

99 073 composés dont 70 242 en plaque au 13/02/2026 : Cette collection est disponible en plaques 96 ou 384 puits à une concentration de 5mM dans le DMSO. Les volumes distribués vont de 2.5 à 300 nL en plaques echo congelées. La participation aux frais s'élève à partir de 0.30€ HT par puits, expédition incluse.

il est possible de choisir un sous-ensemble de la Chimiothèque Nationale et de le recevoir en plaques congelées 96 ou 384 puits. La sélection de ce sous-ensemble peut être réalisée grâce à des descripteurs moléculaires accessibles en ligne sur le site de la CN ou encore grâce à des outils chémoinformatiques (recherche d'analogues, criblage virtuel, etc...). La participation aux frais dépend de la quantité de puits commandée et du type de conditionnement choisi. A partir du 04 novembre 2020, un devis indiquant le coût de la participation aux frais vous sera envoyé suite à une demande de cherry-picking (Par ex., une plaque 96 produits est facturée environ 400€ HT ).

Pour télécharger toutes les structures de la Chimiothèque Nationale, allez dans la sous Rubrique "Accès aux bases de données (utilisateurs enregistrés)". Pour visualiser et analyser les données du Sdfile, vous pouvez utiliser DataWarrior (DataWarrior).

Pour demander des substances de la Chimiothèque Nationale par cherry-picking, suivez l'aide en ligne : https://chembiofrance.org/faq

Fr-PPIChem est une collection de 10,314 molécules dédiée à l'inhibition des interactions protéine-protéine (Bosc et al., 2020). Ces composés sont conditionnés sous une forme standardisée compatible avec le criblage à haut ou moyen débit.

La chimiothèque est issue d'un programme de recherche impliquant 5 équipes académiques, plateformes nationales et un partenaire industriel. Les membres de ce consortium ont développé deux bases de données dédiées aux modulateurs d'interaction protéine-protéine (http://2p2idb.inserm.fr et http://www.ippidb.cdithem.fr).

L'analyse de ces bases de données a permis de définir un profil physico-chimique et structural caractéristique des inhibiteurs connus à ce jour, en les comparant à des médicaments ou à des inhibiteurs d'enzymes (cibles traditionnelles) utilisées dans la pharmacopée occidentale.

Des composés présentant des propriétés similaires aux inhibiteurs de complexes protéine-protéine ont été sélectionnés dans des catalogues de molécules commercialement disponibles en utilisant différentes approches d'apprentissage supervisé. Des filtres physicochimiques ont été appliqués afin d'améliorer les propriétés ADME de la chimiothèque.

La cytotoxicité des composés a été mesurée sur 3 lignées cellulaires humaines, normales et cancéreuses par le Dr. C. Barette (CEA-Grenoble, Caroline.Barette@cea.fr).

Cette chimiothèque peut être demandée au Dr Xavier Morelli (xavier.morelli@inserm.fr, CRCM, Marseille), coordinateur du consortium national ou au Dr Marie-Odile Fauvarque (marie-odile.fauvarque@cea.fr, CMBA, Grenoble). La chimiothèque est fournie en plaques 384 puits (33 plaques au total) à une concentration de 10mM et un volume de 3 µl par puits. Les laboratoires établissant une requête afin d'obtenir la chimiothèque devront indiquer les objectifs du projet et montrer leur capacité à effectuer un criblage sur un test miniaturisé. Le consortium peut proposer des partenaires compétents pour le criblage de cette chimiothèque et les développements hit-to-lead des touches identifiées. Les structures des composés de la chimiothèque ne sont pas disponibles au téléchargement. Toutefois, les structures correspondant aux touches identifiées (ainsi que les information des fournisseurs) seront envoyées au format SDF en retour des résultats de criblage.

Fr-PPIChem : Une chimiothèque dédiée aux Interactions Protéine-Protéine.

Contact : Xavier Morelli (xavier.morelli@inserm.fr)

Il est possible de demander à cribler l'ensemble de cette collection.