Foire aux Questions

How to access and feed the « biotools » catalog of ChemBioFrance

• What is a biotool ?...
  A biotool is a molecule that has been discovered, characterized, sometimes further developped, up to the level of a (or several) publication(s) or a patent(s), and with valuable informations on several key indicators such as target identity, high affinity/selectivity, functional effects in vitro, functional effects in vivo, compound availibility, physicochemical data, Pharmacokinetic data etc...
• Why a ChemBioFrance biotool catalog ?
  Biotools that have been identified, thanks to one, or more, pillar of ChembioFrance should be referenced in the database to allow other researchers to use it in their projects.
• Who may explore the catalog ?
  The access to the catalog is totally free. Just click on biotools link on ChemBioFrance website.
• Who may propose new biotools to be inserted in the catalogue ?
  Any scientist who has characterized biotools with the help of at least one component of ChemBiofrance ( Chemical library, screening platforms, chemoinformatics services, or ADME-Tox) may insert his probes. ChemBioFrance will advertise the compounds to biologist communities.\r\nResearcher who have headed the drug discovery program will systematically be invited to add their own compounds to the library.
• How to register a new Biotool?

  1- Connect as a registered member on ChemBioFrance : https://chembiofrance.cn.cnrs.fr/fr/login or  register if this is your first connection: https://chembiofrance.cn.cnrs.fr/fr/signup

  2- Once connected, click on this link to add your molecule: https://chembiofrance.cn.cnrs.fr/fr/sondotheque/

  3- Your new biotools will be validated before it can be registered in the ChemBioFrance biotools catalog.You will be informed by mail of its validation or of the need for some adjustments.

  
  

Comment demander des substances de la Chimiothèque Nationale par cherry-picking?

• Par où commencer?

  1- Enregistrez-vous sur le site de ChemBioFrance

  2- Sur la page d'accueil, cliquez sur la roue Votre Projet (https://chembiofrance.org/projet) puis soumettre une demande de prestation

  3- Choisissez ensuite la composante Chimiothèque puis Composés et Collection à façon (cherry-picking)

• Commencer interroger la base des substances chimiques?

  1- Cliquez sur le lien "je sélectionne mes substances"

  2- Vous pouvez :

  • -soit dessiner une structure via l'applet JSME,
  • -soit rentrer le nom d'un composé (par ex. dopamine) et un smiles apparait en cliquant sur le bouton "Obtenir la chaîne smiles" qu'il faut glisser puis déposer dans l'applet JSME,
  • -soit rentrer un ID de Substance ou un ID de structure.

  3- Vous pouvez compléter la requête en choisissant un mode de recherche structurale (par défaut la recherche se fait par sous-structure), ainsi que la stéréochimie (par défaut : pas de stéréochimie), et également par des critères pharmacochimiques (par ex. iPPI) et des critères physicochimiques (par ex. masse moléculaire). Si vous ne souhaitez obtenir que les substances disponibles en plaques, compléter la requête via les critères de conditionnement.

  4 - Lancer la recherche en cliquant sur le bouton Rechercher

• Comment ajouter des substances dans mon panier? 

  2 options : 

  option 1 : 

  1-Suite à votre précédente requête, une liste de structures va s'afficher,

  2- Pour une structure donnée, cliquez sur "Voir la liste des substances",

  3- Si la substance est disponible en solution en solution chez Evotec, vous pouvez la sélectionner en la cochant (si vous souhaitez commander une substance non disponible en solution chez Evotec , vous pourrez l'indiquer dans la lettre d'intention),

  4- lorsque vous avez fini de sélectionner toutes les substances, allez dans "Mon Panier",

  5- Valider votre panier en cliquant sur le bouton "Valider mon panier",

  6- Vous serez redirigé vers le formulaire de demande de prestation où une lettre d'intention sera à compléter.

  
  

  option 2 : 

  1- cliquer sur J'importe mon fichier d'ID de structures,

  

  2- vous pouvez choisir ensuite de demander une seule substance par ID structure ou toutes les substances,

  3- le fichier d'ID structures doit être du type: AB-00000001; AB-00000002;AB-00000003,(le ; servant à séparer chaque id structure)

  4- un rapport sur les substances mises dans le panier et non mises dans le panier est fourni,

  5- allez ensuite dans "Mon Panier" pour valider la demande.