Ces bases de données ne sont pas gérées par ChemBioFrance mais individuellement par chaque plateforme. Certaines peuvent être téléchargées en suivant le lien web. Pour les autres, veuillez suivre le lien web pour obtenir plus d'information et contacter les auteurs.
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Database |
URL |
Description |
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e-Drug3D |
Download at: |
Structure, métabolites actifs et données PK/PD des médicaments approuvés par la FDA
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PKIDB |
Download at: |
Inhibiteurs de Kinases en cours de développement clinique |
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Bioinfo DB |
Please contact Didier Rognan. More information at: |
Molécules drug-like commercialement disponibles |
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sc-PDB |
Please contact Didier Rognan. More information at: |
Sites de liaisons 'droguables' des protéines de la PDB |
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2P2I |
Please contact Philippe Roche. More information at: |
Données structurales sur les interfaces protéine-protéine et leurs inhibiteurs connus |
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iPPI-DB |
Please contact Olivier Sperandio. More information at: |
Structure et activités de modulateurs d'interaction protéine-protéine |
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BactPepDB |
Please contact Pierre Tufféry. More information at: |
Peptides de génomes de procaryotes |
Pour visualiser les structures des composés de la Chimiothèque Nationale Essentielle, cliquer sur le lien suivant : CN.pdf. Pour télécharger toutes les structures de la Chimiothèque Nationale, allez dans la sous Rubrique "Accès aux bases de données (utilisateurs enregistrés).
La cytotoxicité de la CNE (1040 composés) a été mesurée sur 3 lignées cellulaires humaines, normales et cancéreuses, au CMBA (CEA Grenoble)
Barette C.* and Fauvarque M.O., unpublished results
Criblage pour des Molécules BioActives (CMBA)
Univ. Grenoble Alpes, INSERM, CEA, F-38000 Grenoble, France.
*correspondance: caroline.barette@cea.fr
RecensementPlateformeSynthese-total_20211019.xlsx
| Nom du Laboratoire | Localisation | Nom de la personne à contacter | Numéro de téléphone | Nom de la plateforme | Date de création de la plateforme | Nom et grade des permanents travaillant sur la plateforme | Une évaluation des coûts a-t-elle été établie? | Etes-vous capable de fournir des devis ? | Une compétence particulière est-elle proposée par la plateforme en terme de famille chimique (sucres, peptides, hétérocycles, nucléosides, etc.) | Quelle quantité de produit la plateforme est-elle capable de fournir? (échelle du mg, g, kg?) | Quels types d'analyses peuvent être réalisés pour évaluer la pureté? | remarques et commentaires | site web | |
| LSPCMIB | Toulouse | Ballereau | ballereau@chimie.ups-tlse.fr | 05 61 55 65 11 | SPCMIB | PICT : 2008 Synthèse : 2019 |
Yves Génisson DR Stéphanie Ballereau CRCN Tessa Castellan TCS |
Oui (tarification validés par la tutelle gestonnaire UT3) | Oui | Préparation diastéréo- et énantio-sélective de composés chiraux sous forme stéréoisomériquement pur | Echelle du mg à quelques g | MS (incluant HRMS), HPLC (incluant sur phase chirale), RMN, microanalyse, point de fusion | Activité de prestation de synthèse propre du laboratoire aussi proposée au sein de la plateforme PICT | https://spcmib.univ-tlse3.fr/synthese-chimique-1 |
| Laboratoire COBRA (UMR6014) | Rouen | Alexandra Le Foll Muriel Durandetti |
alexandra.lefoll@insa-rouen.fr muriel.durandetti@univ-rouen.fr |
02 35 52 24 33 | C2I OrgA | 2014 | - 1 Maitre de conférence (0,2 ETP) - 2 Ingénieurs de Recherche Spectrométrie de G4Masse (2 ETP) - 1 Ingénieur d'étude Spectrométrie de Masse (1 ETP) - 1 Ingénieur d'étude RMN (1 ETP) - 1 ingénieur d'études Sciences Séparatives (1 ETP) - 2 Ingénieurs d'étude Chimistes de Synthèse (2 ETP) - 1 assistante ingénieur Chimiste Analytique (0,5 ETP) - 3 techniciens Chimiste Analytique (2,5 ETP) - 3 techniciens chimistes de Synthèse (2,1 ETP) - 1 adjointe technique (0,5 ETP) |
oui | oui | hétérocycles molécules fluorées sondes fluorescentes sucres molécules chirales |
» 10 g maxi | LC/GC chirale ou non MS/HRMS RMN IR/UV/Fluo Analyse élementaire alpha D / DC |
C2I Orga membre du carnot I2C
Labélisation Cosmetic Valley - RMN 500 MHz sonde 6Li unique en France - RMN 600 MHz solide / liquide - FT/ICR mobiliteé ionique unique en Europe - Plateau technique pluridisciplinaire unique en France qui permet de répondre à la plupart des demandes en chimie, de la caractérisation et la quantification à la synthèse de molécules complexes, en passant par l'analyse de traces (métaux, COV, HAP...) |
https://www.lab-cobra.fr/plateforme-c2iorga/ |
| CERMN | Caen | Dallemagne | patrick.dallemagne@unicaen.fr | 02 31 56 68 13 | CCL | 1998 | Dallemagne PU Suzanne IE contractuels |
oui | oui | toutes séries chimiques | gramme | RMN, HPLC, Masse, IR | http://cermn.unicaen.fr/plateformes/chimie-organique-et-medicinale/ | |
| Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires - UMR5246 ICBMS | Lyon | Arnaud COMTE | arnaud.comte@univ-lyon1.fr | 04 72 43 14 17 | Chimiothèque / Synthèse | Chimiothèque : 2001, Synthèse : 2016 | Arnaud Comte, IE CNRS | oui | oui (sous 1-5 jours) | principalement : chimie hétérocyclique et médicinale, catalyse organométallique (mais autres possibles en collaboration avec les équipes de l'ICBMS) | du mg à plusieurs centaines de g (selon la chimie mise en jeu) | toute analyse courante en synthèse organique (RMN, GC ou LCMS, IR, UV...) et autres demandes particulières en prestation interne (DRX, GPC, analyse élémentaire, ICP...) | www.icbms.fr/chimiotheque/synthese | |
| L2CM | Nancy | Sandrine ADACH | sandrine.adach@univ-lorraine.fr | 03 72 74 52 25 | SynBioN | 2012 | SandrineADACH IE Tioga GULON TC Fabien LACHAUD IE |
oui | Oui | sucres complexes, hétérocycles,
précurseurs de polymères, complexes de métaux de transition |
du mg à 100 g selon la synthèse | RMN proton et carbone MS : IE, ESI Analyse élémentaire |
http://www.l2cm.univ-lorraine.fr/l2cm/synthese/ | |
| Département de Chimie Moléculaire - équipe Synthèse et Réactivité en Chimie Organique (SeRCO) | Grenoble | JF Poisson | jean-francois.poisson@univ-grenoble-alpes .fr, ou pour une demande de travaux: pso-dcm@univ-grenoble-alpes.fr |
04 76 63 59 86 04 76 63 54 43 |
Plateau Synthèse Organique (PSO) | 2010 | M Curtil (IE, reps technique du plateau), PY Chavant (CR), M Fayolle (Tech), PM Léo (Tech), P Cividino (AI), B Bessières (MCF), JF Poisson (Pr) | Oui | Oui | Synthèse de tout type de molécules organiques | du miligrame à la 100aine de gramme | Toute (RMN, Masse, RX, Analyse élémentraire, Masse exacte, IR, Pouvoir rotatoire, HPLC) | Nous travaillons depuis maintenant 10 ans sur la synthèse de molécules organiques soit pour des chercheurs du public (de notre unité de recherche en majorité) ou pour des entreprises privées | https://dcm.univ-grenoble-alpes.fr/node/7/plateaux-chimie/synthese-organique |
| ICCF UMR 6296 UCA/Sigma/CNRS | Clermont-Ferrand | Sophie FAURE et Florence CHARNAY-POUGET | sophie.faure@uca.fr Florence.CHARNAY_POUGET@uca.fr | 04 73 40 52 25 | Pôle Synthèse de la Chimiothèque ICCF (Service bio-organique) | 2020 | Florence Charnay-Pouget (IE CNRS, 0,5 ETP) / Aurélie Job (T UCA, 0,1 ETP) / Sophie Faure (CRCN, 0,1 ETP) | non | oui | Peptidomimétiques, Hétérocycles, Composés fluorés, Phosphonates Méthodologie, Synthèse asymétrique, Synthèse totale | Quelques mg à plusieurs dizaines de grammes | HPLC, RMN, GC, LC-MS, HRMS, polarimétrie | Création du pôle Synthèse de notre chimiothèque en cours suite au recrutement d'une IE dans le cadre d'une mobilité FSEP. | https://iccf.uca.fr/services/bio-organique/chimiotheque/ |
| ICOA UMR7311 | Orléans | Pascal Bouyssou | pascal.bouyssou@univ-orleans.fr | 02 38 49 45 84 | Plateforme de synthèse | 2016 | Pascal Bouyssou, MCF, 20% Sophie Front, Ingénieur, 100% |
Oui | Oui | Synthèse de produits de départ courants (Hétérocycles insaturés, azotés, fluoré, chimie des sucres, des iminosucres)
Répétition de synthèses pour vérification des conditions, optimisation Resynthèse et purification d'un produit d'intérêt pour tests biologiques Synthèse de nouveaux exemples de molécules par des voies connues pour renforcer un brevet durant l'année de priorité Séparation et purifications de produits à l'échelle semi-prép. pour tests biologiques Synthèse de produits de référence |
du mg à 100 g | HRMS, LC/MS, RMN, Optique | 16 projets achevés à ce jour. | https://www.icoa.fr/fr/content/plateforme-de-synth%C3%A8se |
| Chemistry and Modeling for the Bology of CancerOrsay UMR9187-U1196, Institut Curie |
Orsay | Florence Mahuteau Claire Beauvineau |
florence.mahuteau@curie.u-psud.fr claire.beauvineau@curie.fr |
01 69 86 71 59 | Claire Beauvineau, IR1 CNRS Delphine Martin, AI CNRS |
pas de ressource synthèse dispo pour des projets extérieurs | https://science.curie.fr/plateformes/chimiotheque/ | |||||||
| ScanMAT UMS 2001 CNRS | Rennes | Jean-Pierre BAZUREAU Prof | jean-pierre.bazureau@univ-rennes1.fr | 02 23 23 66 03 | S2 Wave platform | Création plateforme en janvier 2015 en même temps que l'UMS | 1) Jean-Pierre BAZUREAU Professeur
2) Ludovic PAQUIN MCU HDR 3) Fabienne GAUFFRE DR CNRS 4) Emmanuelle LIMANTON AI CNRS |
OUI, tarification contrôlée et approuvée par le CA d'UR1 chaque année pour tarification de base | OUI avec coûts complets ou partiels si necéssaire (*) | Hétérocycles (**) | mg:
pas de problèmes
g: (1 à 100 g) également mais cela dépendra de la complexicité du schéma de synthèse Kg: possible exceptionnellement |
1) Analyses élémentaires CHN 2) HRMS auprès CRMPO de l'UMS ScanMAT en interne de la nôtre: HPLC |
(*) Devis établis par fichier Excel fourni par la Satt Ouest Valorisation pour S2 Wave de l'UMS ScanMAT (**) notre équipe à ISCR a 2 brevets en MedChem dont 1 en licence d'exploitation depuis 2006 pour CNS, l'autre concerne le cancer | https://scanmat.univ-rennes1.fr/la-plate-forme-s2wave |
| LIT | Illkirch | Didier Rognan | pwagner@unistra.fr | 03.68.85.42.35 | PSO | 2016 | Patrick Wagner (IE, 100%, responsable)
Jacques Bricard (IE, 100%) Camille Van Wesemael (AI, 100%) |
non | pas encore | synthèse hétérocyclique synthèse peptidique (micro-ondes) |
20 mg-10g | 1H-NMR, 13C-NMR, L-MS, HR-MS | plateforme actuellement utilisée à 100% pour des projets internes allant de 1 à 3 mois (21 achevés, 6 en cours)
Affectation possible d'un FTE à temps partiel dès Jan2021 |
http://medchem.unistra.fr/plateforme-de-synthese-organique-pso/ |
| Laboratoire CEISAM - UMR CNRS 6230 | Nantes | Arnaud Tessier | arnaud.tessier@univ-nantes.fr | 02 76 64 50 21 | CHEM-Symbiose | 2013 | Matthieu Rivière (IE Univ. Nantes) 1 ETP Arnaud Tessier (CR-CN CNRS) 0,5 ETP Monique Mathé-Allainmat (CR-CE CNRS) 0,2 ETP Jacques Lebreton (PU-Univ Nantes) 0,1 ETP Didier Dubreuil (PU-Univ Nantes) 0,1 ETP |
en partie (selon complexité de la molécule) |
oui (gestion CNRS) |
La plateforme traite l'ensemble des familles de molécules quelles qu'elles soient. (Peptide jusqu'à 3 unités) Savoir-faire également dans la synthèse de molécule marquée (D, C13, N15, O18) |
jusqu'à 10g (selon complexité de la molécule) | RMN / GC-MS / LC-MS / Pouvoir rotatoire/ Analyse élémentaire / Point fusion | La plateforme est labellisée IBISA et Biogenouest et est ouverte à la prestation et à la collaboration de recherche pour des acteurs du monde académique (CNRS, INSERM, INRAe, ...) | https://pf-chemsymbiose.univ-nantes.fr/ |
| Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM) | Marseille | Combes Sébastien | sebastien.combes@univ-amu.fr | 06 15 51 26 90 | DOSynth | 2017 | Dr Combes Sébastien (MCU, HC), Dr Brémond Paul (MCU, CN) | oui | oui | hétérocycles, oligonucléotides | mg au gr | RMN, UV, HPLC, MS, HRMS, Microanalyse | https://www.crcm-marseille.fr/equipes/equipes-de-recherche/yves-collette-et-xavier-morelli/ |
Hit-to-Lead Optimization:
La phase d'optimisation hit-to-lead d'un hit primaire implique plusieurs cycles de modifications chimiques. Par conséquent, il est nécessaire de générer des chimiothèques de composés facilement synthétisables pour naviguer dans l'espace chimique autour du hit primaire. ChemoDOTS est un serveur web dédié à la conception de chimiothèques focalisées, prenant en compte des règles de chimie médicinale couramment utilisées dans l'industrie pharmaceutique lors de la phase d'optimisation. Il facilite l'énumération de tous les composés synthétiquement accessibles à partir d'une molécule fonctionnalisée. Typiquement, les utilisateurs doivent charger la molécule initiale ou la dessiner dans un sketcher, puis choisir, parmi les fonctions réactives détectées automatiquement, celle sur laquelle les modifications seront effectuées. Le serveur propose ensuite une liste de réactions chimiques compatibles permettant ainsi la génération automatique d'une chimiothèque en couplant, pour chaque réaction, les « building blocs » compatibles avec les réactions sélectionnées par l'utilisateur et la molécule initiale. Des filtres physico-chimiques peuvent ensuite être appliqués pour extraire un sous-ensemble de composés avec des propriétés spécifiques. Pour chaque molécule, les stéréoisomères, tautomères et un conformère 3D sont finalement générés. La chimiothèque résultante est compatible avec la plupart des logiciels de criblage virtuel, offrant ainsi aux chercheurs un outil efficace pour générer rapidement des chimiothèques synthétiquement accessibles autour d'un hit primaire via une interface conviviale. Ce serveur web constitue une ressource précieuse pour les chercheurs engagés dans l'optimisation d'un hit.
ChemoDOTS est disponible à l'adresse suivante https://chemodots.marseille.inserm.fr/.
Reference:
- Hoffer, L., Charifi-Hoareau, G., Barelier, S., Betzi, S., Miller, T.W., Morelli, X., and Roche, P. (2024) ChemoDOTS: A Web Server to Design Chemistry-Driven Focused Libraries. Nucleic Acids Research, 52, Wxxx-Wxxx. https://doi.org/10.1093/nar/gkae326