Ces bases de données ne sont pas gérées par ChemBioFrance mais individuellement par chaque plateforme. Certaines peuvent être téléchargées en suivant le lien web. Pour les autres, veuillez suivre le lien web pour obtenir plus d'information et contacter les auteurs.
|
Database |
URL |
Description |
|
e-Drug3D |
Download at: |
Structure, métabolites actifs et données PK/PD des médicaments approuvés par la FDA
|
|
PKIDB |
Download at: |
Inhibiteurs de Kinases en cours de développement clinique |
|
Bioinfo DB |
Please contact Didier Rognan. More information at: |
Molécules drug-like commercialement disponibles |
|
sc-PDB |
Please contact Didier Rognan. More information at: |
Sites de liaisons 'droguables' des protéines de la PDB |
|
2P2I |
Please contact Philippe Roche. More information at: |
Données structurales sur les interfaces protéine-protéine et leurs inhibiteurs connus |
|
iPPI-DB |
Please contact Olivier Sperandio. More information at: |
Structure et activités de modulateurs d'interaction protéine-protéine |
|
BactPepDB |
Please contact Pierre Tufféry. More information at: |
Peptides de génomes de procaryotes |
Pour visualiser les structures des composés de la Chimiothèque Nationale Essentielle, cliquer sur le lien suivant : CN.pdf. Pour télécharger toutes les structures de la Chimiothèque Nationale, allez dans la sous Rubrique "Accès aux bases de données (utilisateurs enregistrés).
La cytotoxicité de la CNE (1040 composés) a été mesurée sur 3 lignées cellulaires humaines, normales et cancéreuses, au CMBA (CEA Grenoble)
Barette C.* and Fauvarque M.O., unpublished results
Criblage pour des Molécules BioActives (CMBA)
Univ. Grenoble Alpes, INSERM, CEA, F-38000 Grenoble, France.
*correspondance: caroline.barette@cea.fr
Hit-to-Lead Optimization:
La phase d'optimisation hit-to-lead d'un hit primaire implique plusieurs cycles de modifications chimiques. Par conséquent, il est nécessaire de générer des chimiothèques de composés facilement synthétisables pour naviguer dans l'espace chimique autour du hit primaire. ChemoDOTS est un serveur web dédié à la conception de chimiothèques focalisées, prenant en compte des règles de chimie médicinale couramment utilisées dans l'industrie pharmaceutique lors de la phase d'optimisation. Il facilite l'énumération de tous les composés synthétiquement accessibles à partir d'une molécule fonctionnalisée. Typiquement, les utilisateurs doivent charger la molécule initiale ou la dessiner dans un sketcher, puis choisir, parmi les fonctions réactives détectées automatiquement, celle sur laquelle les modifications seront effectuées. Le serveur propose ensuite une liste de réactions chimiques compatibles permettant ainsi la génération automatique d'une chimiothèque en couplant, pour chaque réaction, les « building blocs » compatibles avec les réactions sélectionnées par l'utilisateur et la molécule initiale. Des filtres physico-chimiques peuvent ensuite être appliqués pour extraire un sous-ensemble de composés avec des propriétés spécifiques. Pour chaque molécule, les stéréoisomères, tautomères et un conformère 3D sont finalement générés. La chimiothèque résultante est compatible avec la plupart des logiciels de criblage virtuel, offrant ainsi aux chercheurs un outil efficace pour générer rapidement des chimiothèques synthétiquement accessibles autour d'un hit primaire via une interface conviviale. Ce serveur web constitue une ressource précieuse pour les chercheurs engagés dans l'optimisation d'un hit.
ChemoDOTS est disponible à l'adresse suivante https://chemodots.marseille.inserm.fr/.
Reference:
- Hoffer, L., Charifi-Hoareau, G., Barelier, S., Betzi, S., Miller, T.W., Morelli, X., and Roche, P. (2024) ChemoDOTS: A Web Server to Design Chemistry-Driven Focused Libraries. Nucleic Acids Research, 52, Wxxx-Wxxx. https://doi.org/10.1093/nar/gkae326