Bourse d'accueil de 6 mois pour un stage d'un étudiant en master/ingénieur informatique

Lieu : Montpellier

Type de contrat : stage rémunéré

Quotité de travail : 100

Employeur : CNRS

Rémunération : indemnité de stage

Date d'embauche prévue : 2022-03-01

Durée du contrat : 6 mois

Missions/Activités : Le stagiaire en master 2/ingénieur informatique aura pour mission de participer à la FAIRisation des données générées par l'Infrastructure de Recherche ChemBioFrance : - Faciles à retrouver (moteur de recherche, identifiants pérennes pour les données et les méta-données) - Accessibles (via https par ex.) - Interopérables (exportables vers un fichier csv par ex.) - Réutilisables (les conditions d'utilisation des données doivent être clairement précisées). Dans un premier temps il/elle travaillera à la « curation » des jeux de données existants sous forme de fichier Excel (plus de 100 jeux issus des criblages des composés de la Chimiothèque Nationale). Il/elle proposera ensuite un cahier des charges qui inclura la validation d'un schéma de données s'inspirant largement de la base de ChemBL, ainsi qu'une description fonctionnelle des besoins. Il/elle implémentera la base de données et l'alimentera, en la rendant accessible et interfaçable, dans le contexte de l'Open Data.

Niveau d'études souhaité : Master ou ingénieur

Compétences souhaitées : Développement Web (Framework Symfony ou équivalent) - SGBD Oracle - Connaissances notions chimie et biologie - Connaissances web sémantique

Contexte : ChemBioFrance [CBF] est une Infrastructure de recherche [IR] inscrite sur la feuille de route nationale des IR en 2018 et dont la mission est de fournir une offre intégrée de services pour la découverte et l'utilisation de petites molécules pour comprendre et soigner le vivant (sondes biologiques et candidats médicaments). Dans ce contexte, elle s'appuie sur une unité support CNRS, localisée à Montpelier, qui assure la gestion opérationnelle de la chimiothèque nationale, et de réseaux des plateformes de criblage, de chémoinformatique et d'ADME-Tox (accueil et conseil aux utilisateurs, gestion du système d'information, gestion juridique des projets, animation des réseaux et communication). Dans le contexte des données ouvertes, toutes les données des projets issus de collaborations scientifiques avec ChemBioFrance et financés par des fonds publics seront rendues après embargo, facilement accessibles et réutilisables par toutes les communautés scientifiques (chimistes, biologistes, chémoinformaticiens et pharmacologues). Les utilisateurs du système d'information de CBF pourront alors extraire des informations pour des modélisations, réanalyses et annotations diverses au fil des développement des molécules. Les plateformes de l'IR génèrent environ 10 To/an de données (imageries, structures chimiques, modélisation de protéines et molécules, criblages virtuels, données expérimentales de criblage, annotation chémoinformatiques).

Autres informations :

Lastname : Tran

Email : kiet.tran@enscm.fr

Website : http://uscbf-cn.cn.cnrs.fr