These databases are individually managed by cheminformatic platfoms not directly by ChemBioFrance. Some of them can be downloaded and some are to be requested from the author. Please find hereafter the information:
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Database |
URL |
Description |
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e-Drug3D |
Download at: |
Structure, bioactive metabolites and PK/PD data on FDA-approved drugs |
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PKIDB |
Download at: |
Kinase inhibitors in clinical development |
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Bioinfo DB |
Please contact Didier Rognan. More information at: |
Commercially-available drug-like compounds |
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sc-PDB |
Please contact Didier Rognan. More information at: |
PDB protein 'drug binding' sites |
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2P2I |
Please contact Philippe Roche. More information at: |
Structure of protein-protein interfaces and their inhibitors |
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iPPI-DB |
Please contact Olivier Sperandio. More information at: |
Structure and activity of protein-protein interface modulators |
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BactPepDB |
Please contact Pierre Tufféry. More information at: |
Peptides from procaryotic genomes |
To visualize a sample of compounds structures (Chimiothèque Nationale Essentielle), please click on the following link : CN.pdf. To download all structures from CN, please go the page "Access to the database for registered users only).
Cytotoxicity of CNE (1.040 compounds) has been measured on three different human, normal and cancerous cell lines at CMBA (CEA Grenoble).
Barette C.* and Fauvarque M.O., unpublished results
Criblage pour des Molécules BioActives (CMBA)
Univ. Grenoble Alpes, INSERM, CEA, F-38000 Grenoble, France.
*correspondance: caroline.barette@cea.fr
RecensementPlateformeSynthese-total_20211019.xlsx
| Nom du Laboratoire | Localisation | Nom de la personne à contacter | Numéro de téléphone | Nom de la plateforme | Date de création de la plateforme | Nom et grade des permanents travaillant sur la plateforme | Une évaluation des coûts a-t-elle été établie? | Etes-vous capable de fournir des devis ? | Une compétence particulière est-elle proposée par la plateforme en terme de famille chimique (sucres, peptides, hétérocycles, nucléosides, etc.) | Quelle quantité de produit la plateforme est-elle capable de fournir? (échelle du mg, g, kg?) | Quels types d'analyses peuvent être réalisés pour évaluer la pureté? | remarques et commentaires | site web | |
| LSPCMIB | Toulouse | Ballereau | ballereau@chimie.ups-tlse.fr | 05 61 55 65 11 | SPCMIB | PICT : 2008 Synthèse : 2019 |
Yves Génisson DR Stéphanie Ballereau CRCN Tessa Castellan TCS |
Oui (tarification validés par la tutelle gestonnaire UT3) | Oui | Préparation diastéréo- et énantio-sélective de composés chiraux sous forme stéréoisomériquement pur | Echelle du mg à quelques g | MS (incluant HRMS), HPLC (incluant sur phase chirale), RMN, microanalyse, point de fusion | Activité de prestation de synthèse propre du laboratoire aussi proposée au sein de la plateforme PICT | https://spcmib.univ-tlse3.fr/synthese-chimique-1 |
| Laboratoire COBRA (UMR6014) | Rouen | Alexandra Le Foll Muriel Durandetti |
alexandra.lefoll@insa-rouen.fr muriel.durandetti@univ-rouen.fr |
02 35 52 24 33 | C2I OrgA | 2014 | - 1 Maitre de conférence (0,2 ETP) - 2 Ingénieurs de Recherche Spectrométrie de G4Masse (2 ETP) - 1 Ingénieur d'étude Spectrométrie de Masse (1 ETP) - 1 Ingénieur d'étude RMN (1 ETP) - 1 ingénieur d'études Sciences Séparatives (1 ETP) - 2 Ingénieurs d'étude Chimistes de Synthèse (2 ETP) - 1 assistante ingénieur Chimiste Analytique (0,5 ETP) - 3 techniciens Chimiste Analytique (2,5 ETP) - 3 techniciens chimistes de Synthèse (2,1 ETP) - 1 adjointe technique (0,5 ETP) |
oui | oui | hétérocycles molécules fluorées sondes fluorescentes sucres molécules chirales |
» 10 g maxi | LC/GC chirale ou non MS/HRMS RMN IR/UV/Fluo Analyse élementaire alpha D / DC |
C2I Orga membre du carnot I2C
Labélisation Cosmetic Valley - RMN 500 MHz sonde 6Li unique en France - RMN 600 MHz solide / liquide - FT/ICR mobiliteé ionique unique en Europe - Plateau technique pluridisciplinaire unique en France qui permet de répondre à la plupart des demandes en chimie, de la caractérisation et la quantification à la synthèse de molécules complexes, en passant par l'analyse de traces (métaux, COV, HAP...) |
https://www.lab-cobra.fr/plateforme-c2iorga/ |
| CERMN | Caen | Dallemagne | patrick.dallemagne@unicaen.fr | 02 31 56 68 13 | CCL | 1998 | Dallemagne PU Suzanne IE contractuels |
oui | oui | toutes séries chimiques | gramme | RMN, HPLC, Masse, IR | http://cermn.unicaen.fr/plateformes/chimie-organique-et-medicinale/ | |
| Institut de Chimie et de Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires - UMR5246 ICBMS | Lyon | Arnaud COMTE | arnaud.comte@univ-lyon1.fr | 04 72 43 14 17 | Chimiothèque / Synthèse | Chimiothèque : 2001, Synthèse : 2016 | Arnaud Comte, IE CNRS | oui | oui (sous 1-5 jours) | principalement : chimie hétérocyclique et médicinale, catalyse organométallique (mais autres possibles en collaboration avec les équipes de l'ICBMS) | du mg à plusieurs centaines de g (selon la chimie mise en jeu) | toute analyse courante en synthèse organique (RMN, GC ou LCMS, IR, UV...) et autres demandes particulières en prestation interne (DRX, GPC, analyse élémentaire, ICP...) | www.icbms.fr/chimiotheque/synthese | |
| L2CM | Nancy | Sandrine ADACH | sandrine.adach@univ-lorraine.fr | 03 72 74 52 25 | SynBioN | 2012 | SandrineADACH IE Tioga GULON TC Fabien LACHAUD IE |
oui | Oui | sucres complexes, hétérocycles,
précurseurs de polymères, complexes de métaux de transition |
du mg à 100 g selon la synthèse | RMN proton et carbone MS : IE, ESI Analyse élémentaire |
http://www.l2cm.univ-lorraine.fr/l2cm/synthese/ | |
| Département de Chimie Moléculaire - équipe Synthèse et Réactivité en Chimie Organique (SeRCO) | Grenoble | JF Poisson | jean-francois.poisson@univ-grenoble-alpes .fr, ou pour une demande de travaux: pso-dcm@univ-grenoble-alpes.fr |
04 76 63 59 86 04 76 63 54 43 |
Plateau Synthèse Organique (PSO) | 2010 | M Curtil (IE, reps technique du plateau), PY Chavant (CR), M Fayolle (Tech), PM Léo (Tech), P Cividino (AI), B Bessières (MCF), JF Poisson (Pr) | Oui | Oui | Synthèse de tout type de molécules organiques | du miligrame à la 100aine de gramme | Toute (RMN, Masse, RX, Analyse élémentraire, Masse exacte, IR, Pouvoir rotatoire, HPLC) | Nous travaillons depuis maintenant 10 ans sur la synthèse de molécules organiques soit pour des chercheurs du public (de notre unité de recherche en majorité) ou pour des entreprises privées | https://dcm.univ-grenoble-alpes.fr/node/7/plateaux-chimie/synthese-organique |
| ICCF UMR 6296 UCA/Sigma/CNRS | Clermont-Ferrand | Sophie FAURE et Florence CHARNAY-POUGET | sophie.faure@uca.fr Florence.CHARNAY_POUGET@uca.fr | 04 73 40 52 25 | Pôle Synthèse de la Chimiothèque ICCF (Service bio-organique) | 2020 | Florence Charnay-Pouget (IE CNRS, 0,5 ETP) / Aurélie Job (T UCA, 0,1 ETP) / Sophie Faure (CRCN, 0,1 ETP) | non | oui | Peptidomimétiques, Hétérocycles, Composés fluorés, Phosphonates Méthodologie, Synthèse asymétrique, Synthèse totale | Quelques mg à plusieurs dizaines de grammes | HPLC, RMN, GC, LC-MS, HRMS, polarimétrie | Création du pôle Synthèse de notre chimiothèque en cours suite au recrutement d'une IE dans le cadre d'une mobilité FSEP. | https://iccf.uca.fr/services/bio-organique/chimiotheque/ |
| ICOA UMR7311 | Orléans | Pascal Bouyssou | pascal.bouyssou@univ-orleans.fr | 02 38 49 45 84 | Plateforme de synthèse | 2016 | Pascal Bouyssou, MCF, 20% Sophie Front, Ingénieur, 100% |
Oui | Oui | Synthèse de produits de départ courants (Hétérocycles insaturés, azotés, fluoré, chimie des sucres, des iminosucres)
Répétition de synthèses pour vérification des conditions, optimisation Resynthèse et purification d'un produit d'intérêt pour tests biologiques Synthèse de nouveaux exemples de molécules par des voies connues pour renforcer un brevet durant l'année de priorité Séparation et purifications de produits à l'échelle semi-prép. pour tests biologiques Synthèse de produits de référence |
du mg à 100 g | HRMS, LC/MS, RMN, Optique | 16 projets achevés à ce jour. | https://www.icoa.fr/fr/content/plateforme-de-synth%C3%A8se |
| Chemistry and Modeling for the Bology of CancerOrsay UMR9187-U1196, Institut Curie |
Orsay | Florence Mahuteau Claire Beauvineau |
florence.mahuteau@curie.u-psud.fr claire.beauvineau@curie.fr |
01 69 86 71 59 | Claire Beauvineau, IR1 CNRS Delphine Martin, AI CNRS |
pas de ressource synthèse dispo pour des projets extérieurs | https://science.curie.fr/plateformes/chimiotheque/ | |||||||
| ScanMAT UMS 2001 CNRS | rennes | Jean-Pierre BAZUREAU Prof | jean-pierre.bazureau@univ-rennes1.fr | 02 23 23 66 03 | S2 Wave platform | Création plateforme en janvier 2015 en même temps que l'UMS | 1) Jean-Pierre BAZUREAU Professeur
2) Ludovic PAQUIN MCU HDR 3) Fabienne GAUFFRE DR CNRS 4) Emmanuelle LIMANTON AI CNRS |
OUI, tarification contrôlée et approuvée par le CA d'UR1 chaque année pour tarification de base | OUI avec coûts complets ou partiels si necéssaire (*) | Hétérocycles (**) | mg:
pas de problèmes
g: (1 à 100 g) également mais cela dépendra de la complexicité du schéma de synthèse Kg: possible exceptionnellement |
1) Analyses élémentaires CHN 2) HRMS auprès CRMPO de l'UMS ScanMAT en interne de la nôtre: HPLC |
(*) Devis établis par fichier Excel fourni par la Satt Ouest Valorisation pour S2 Wave de l'UMS ScanMAT (**) notre équipe à ISCR a 2 brevets en MedChem dont 1 en licence d'exploitation depuis 2006 pour CNS, l'autre concerne le cancer | https://scanmat.univ-rennes1.fr/la-plate-forme-s2wave |
| LIT | Illkirch | Didier Rognan | pwagner@unistra.fr | 03.68.85.42.35 | PSO | 2016 | Patrick Wagner (IE, 100%, responsable)
Jacques Bricard (IE, 100%) Camille Van Wesemael (AI, 100%) |
non | pas encore | synthèse hétérocyclique synthèse peptidique (micro-ondes) |
20 mg-10g | 1H-NMR, 13C-NMR, L-MS, HR-MS | plateforme actuellement utilisée à 100% pour des projets internes allant de 1 à 3 mois (21 achevés, 6 en cours)
Affectation possible d'un FTE à temps partiel dès Jan2021 |
http://medchem.unistra.fr/plateforme-de-synthese-organique-pso/ |
| Laboratoire CEISAM - UMR CNRS 6230 | Nantes | Arnaud Tessier | arnaud.tessier@univ-nantes.fr | 02 76 64 50 21 | CHEM-Symbiose | 2013 | Matthieu Rivière (IE Univ. Nantes) 1 ETP Arnaud Tessier (CR-CN CNRS) 0,5 ETP Monique Mathé-Allainmat (CR-CE CNRS) 0,2 ETP Jacques Lebreton (PU-Univ Nantes) 0,1 ETP Didier Dubreuil (PU-Univ Nantes) 0,1 ETP |
en partie (selon complexité de la molécule) |
oui (gestion CNRS) |
La plateforme traite l'ensemble des familles de molécules quelles qu'elles soient. (Peptide jusqu'à 3 unités) Savoir-faire également dans la synthèse de molécule marquée (D, C13, N15, O18) |
jusqu'à 10g (selon complexité de la molécule) | RMN / GC-MS / LC-MS / Pouvoir rotatoire/ Analyse élémentaire / Point fusion | La plateforme est labellisée IBISA et Biogenouest et est ouverte à la prestation et à la collaboration de recherche pour des acteurs du monde académique (CNRS, INSERM, INRAe, ...) | https://pf-chemsymbiose.univ-nantes.fr/ |
| Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM) | Marseille | Combes Sébastien | sebastien.combes@univ-amu.fr | 06 15 51 26 90 | DOSynth | 2017 | Dr Combes Sébastien (MCU, HC), Dr Brémond Paul (MCU, CN) | oui | oui | hétérocycles, oligonucléotides | mg au gr | RMN, UV, HPLC, MS, HRMS, Microanalyse | https://www.crcm-marseille.fr/equipes/equipes-de-recherche/yves-collette-et-xavier-morelli/ |
Hit-to-Lead Optimization:
In drug discovery, the successful optimization of an initial hit compound into a lead molecule requires multiple cycles of chemical modification. Consequently, there is a need to efficiently generate synthesizable chemical libraries to navigate the chemical space surrounding the primary hit. ChemoDOTS is a web server for the design of chemistry-driven focused libraries in Hit-to-Lead drug discovery. It facilitates the enumeration of all the synthetically accessible compounds starting from an activated hit molecule.
With this tool, users enter an activated form of the initial hit molecule then choose from automatically detected reactive functions. The server proposes compatible chemical transformations via an ensemble of encoded chemical reactions widely used in the pharmaceutical industry during hit-to-lead optimization. After selection of the desired reactions, all compatible chemical building blocks are automatically coupled to the initial hit to generate a raw chemical library. Post-processing filters can be applied to extract a subset of compounds with specific physicochemical properties. Finally, explicit stereoisomers and tautomers are computed, and a 3D conformer is generated for each molecule. The resulting virtual library is compatible with most docking software for virtual screening campaigns. ChemoDOTS rapidly generates synthetically feasible, hit-focused, large, diverse chemical libraires with finely-tuned physicochemical properties via a user-friendly interface providing a powerful resource for researchers engaged in hit-to-lead optimization.
ChemoDOTS is freely available at https://chemodots.marseille.inserm.fr/.
Reference:
- Hoffer, L., Charifi-Hoareau, G., Barelier, S., Betzi, S., Miller, T.W., Morelli, X., and Roche, P. (2024) ChemoDOTS: A Web Server to Design Chemistry-Driven Focused Libraries. Nucleic Acids Research, 52, Wxxx-Wxxx.